2023年3月28日星期二
中国西南地区成年恒河猴近视的普遍性和特征
目的:调查中国西南云南省一大群成年恒河猴中近视的普遍程度并描述近视恒河猴眼的特征。
方法:共有219只成年恒河猴(年龄为14.07±2.72岁,范围为8-21岁)被随机招募参加此项研究。我们对猴子进行了眼底摄影和环境松弛屈光度(RE)和轴长(AL)的测量。
结果:共检查了219只猴子的429只眼睛。中位数RE为-1.25度(D),中位数AL为18.69毫米。近视的普遍程度为62.47%,其中三分之一的近视眼高度近视。近视眼中的眼底网格状图案的存在比非近视眼高(42.54%对6.21%)。网格状图案存在的截止值为RE的-3.52 D和AL的19.38毫米。在近视眼中,一级和三级眼底网格状图案在RE(-5.57±2.97 D对-8.13±3.51 D)和AL(19.66±0.55毫米对20.60±1.06毫米)上有显着差异。β-眼盘周围萎缩(β-PPA)在48.10%的近视眼中和6.83%的非近视眼中发现。β-PPA的存在与眼底网格状图案、AL和RE的存在有关。三级眼底网格状图案中β-PPA的存在率高于一级眼底网格状图案(94.4%对76%)。
结论:中国西南地区成年恒河猴中超过一半是近视的,其中三分之一是高度近视。与人类类似,眼底网格状图案和β-PPA是近视恒河猴的特征性征象。成年恒河猴是研究近视发病机制的最佳动物模型。
转化意义:本研究不仅为近视恒河猴的屈光状态和AL提供了参考,而且表明具有自发性近视的成年恒河猴是研究近视发病机制的最佳动物模型。
2023年3月26日星期日
2023年3月25日星期六
SESNs的调控
SESNs是一个蛋白家族,他们会在各种应激条件下被诱导,例如hypoxia和代谢失衡。这个家族在无脊椎动物中只有一个成员,而在哺乳动物中包括三个家族成员,分别是SESN1、SESN2和SESN3.脊椎动物的SESN1(也被称为PA26)是一个p53的转录靶标;SESN2(也被称为H195)被发现能被hypoxia激活。SESN3基因是一个通过同源性鉴定的大部分未经表征的开放阅读框。
SESNs的表达和功能调控
SESNs是广泛表达于成年人体内的蛋白质,尽管基因表达水平存在组织特异性变化。有趣的是,SESN1和SESN2在谷歌肌中表达最高,这是仅与果蝇同源共享的特征。
作为一类应激诱导蛋白质家族,据报道SESNs在暴露于DNA损伤、氧化应激和缺氧是会上调和激活。SESN1和SESN2主要对p53响应,而SESN3责备FoxO转录因子所激活。其他转录因子负责SESNs的表达包括Nrf2、JNK/c-Jun途径和HIF-1α。
不同的刺激会调节SESN磷酸化状态,这是SESN调控的一个关键方面。在果蝇
中,dSESN体内发现了多个磷酸受体位点。在人类中,磷酸化调控主要针对SESN2同源物进行表征。人类SESN2的质谱分析揭示了三个高度保守的磷酸化位点。重要的是,将这些位点突变为类似磷酸化的氨基酸模拟,促进了其与GATOR2相互作用,并显著抑制了mTOR1.这支持了SESN2磷酸化在防止由慢性mTOR活化引起的年龄相关病变中所起到的潜在作用。
Python的Excel操作
Excel文件的读取
单一Sheet文件读取
import pandas as pd
data = pd.read_excel("new_excel.xlsx")
多个Sheet文件读取
import pandas as pd
data = pd.read_excel("new_excel_2",sheet_name='sheet_2')
read_excel()函数能够读取Excel2003(.xls)
和Excel2007(.xlsx)
两种类型的文件
不指定sheet_name时默认读取第一张表的数据
读取制定列数据室使用usecols,如:
col_list = ['id', 'Age']或col_list = [1, 3]
data = pd.read_excel(excel_file, usecols=col_list)
Excel文件的写入
写入单一Sheet
import pandas as pd
data.to_excel('sample.xlsx', sheet_name='sheet1', index=False)
写入多个Sheet
import pandas as pd
writefile='E:\\sample.xlsx'
with pd.ExcelWriter(writefile) as writer:
data.to_excel(writer, sheet_name = 'sheet1', index=False)
data_1.to_excel(writer,sheet_name='sheet2',index=False)
wirtefile:需要写入文件路径
data:类型为dataframe的数据
sheet_name:需要写入的sheet名
index = False:写入是不写入行索引
2023年3月24日星期五
Python:单一文件操作
Pandas简介
一个基于NumPy数据分析包,提供了高效地操作大型数据集所需的工具,支持数据上做各种变换。可用于数据挖掘、分析、清洗。
使用时先导入:
import pandas as pd
包括量大数据结构:Series、DataFrame
Series
Series是带索引的一维数组,是Pandas中的主要数据结构之一。
带标签的一维数组,轴标签统称为索引。
import pandas as pd
pd.Series([1,"apple",3,5,4])
pd.Series([1,"apple",3,5,4], index=['a','b','c','d'])
DataFrame
Pandas中的主要数据结构之一,既有行索引也有列索引,可以看成由多个Series组成的数据结构
import pandas as pd
pd.DataFrame({'Animal':['Dog','Cat','Bear'],
'Owner':['Alice','Bob','Cathy']})
文本文件的读写
绝对路径
1、使用反斜杠
双反斜杠:
'C:\\Users\\test.txt'
添加r:
r'C:\User\test.txt'
2、直接使用斜杠:
'C:/Users/test.txt'
相对路径
查看当前工作路径的命令:
import os
os.getcwd()
文本文件的全部读取
import pandas as pd
data = pd.read_csv('write_data.txt',sep=',')
data = pd.read_csv('write_data.csv')
sep:如果不指定参数,Python则会使用逗号分隔
如果数据第一行不是列名,则采用:
data = pd.read_csv(file, header = None)
读入指定列的文本文件
import pandas as pd
#用列名导入特定列
data = pd.read_csv('write_data.csv', usecols = ['ID','temp'], sep=',')
#还可以用列序号导入特定列
data = pd.read_csv('write_data.csv', usecols = [0,2], sep=',')
读入前面n行的文本文件
import pandas as pd
data = pd.read_csv('write_data.csv', nrows=2, sep=',')
什么是数据流重导向
standard output
标准输出:指令执行所回传的正确信息
standard error output
标准错误输出:指令执行失败后,所回传的错误信息
例如,系统默认有/etc/crontab但是没有/etc/vbirdsay,此时如果下达"cat /etc/contab /etc/vbirdsay"这个指令是,cat会进行:
标准输出:读取/ect/crontab后,将该文件内容显示在屏幕上。
标准错误输出:因为无法找到/etc/vbirdsay,因此在屏幕上显示错误信息。
无论正确还是错误的数据都是默认输出到屏幕上,这导致信息紊乱。数据流重导向可以将两类信息分别传送到其他文件或这设备,分别传送所使用的特殊字符如下:
1.标准输入 (stdin):代码为0,使用<或<<
2.标准输出 (stdout):代码为1,使用>或>>
3.标准错误输出(stderr):代码为2,使用2>或2>>
举例如下
#观察你的系统根目录(/)下个目录的文件名、权限与属性,并记录下来
ll/
ll/ > ~/rootfille
ll ~/rootfile
在上面这个例子中,将ll/
原本应该显示在屏幕上的信息重导向到~/rootfile
中了。
重导向到的文件~/rootfile
如果不存在,将会创建这个文件,如果这个文件已经存在,将会覆盖掉这个文件,如果不希望覆盖而是追加,那么应该使用>>
#利用一般用户身份搜索/home下面是否有名为.bashrc的文件
find /home -name .bashrc
find /home -name .bashrc > list_rigth 2> list_error
#两面的两条指令将会实现将正确信息和错误信息输出到同一个文件中
find /home -name .bashrc > list 2>&1
find /home -name .bashrc &> list
2023年3月15日星期三
光甘草定抑制烟曲霉生长并减轻由Dectin-2和NLRP3炎症小体介导的炎症
- 目的:
- 本研究旨在揭示光甘草定在烟曲霉角膜炎中的抗真菌和抗炎作用机制
- 本研究旨在揭示光甘草定在烟曲霉角膜炎中的抗真菌和抗炎作用机制
- 方法:
- 在体外,RAW264.7细胞感染烟曲霉并孵育在不同浓度的光甘草定。
- 在Dectin-2 siRNA和光甘草定的干预下,使用RT-qPCR、ELISA评估炎症的严重程度和交替
- 在体内,通过包子机制内注射建立烟曲霉角膜炎小鼠模型,并用光甘草定或PBS处理。并展示了临床评分、炎症介质和PAS染色,以证明光甘草定在内体的治疗效率。
- 形态学干扰测定检测真菌萌发。
- 扫描和投射电子显微镜用于观察真菌的生长。
- 在体外,RAW264.7细胞感染烟曲霉并孵育在不同浓度的光甘草定。
- 结果:
- 在RAW264.7细胞和小鼠角膜炎模型中,无细胞毒性的16μg/mL光甘草定在烟曲霉感然后显著抑制Dectin-1、NLRP3、Caspase-1、IL-1β和TNF-β的表达,几乎相似Dectin-2 siRNA的干预。
- PAS染色说明光甘草定处理后角膜机制中的菌丝分布减少。
- 光甘草定通过延迟发芽和破坏菌丝膜的完整性显著抑制烟曲霉菌的生长。
- 在RAW264.7细胞和小鼠角膜炎模型中,无细胞毒性的16μg/mL光甘草定在烟曲霉感然后显著抑制Dectin-1、NLRP3、Caspase-1、IL-1β和TNF-β的表达,几乎相似Dectin-2 siRNA的干预。
- 结论:
- 光甘草定通过抑制Dectin-1和NLRP3炎症小体在烟曲霉攻击中发挥抗炎作用,并通过延迟出芽和改变菌丝完整性发挥抗真菌作用。
- 关键信息:光甘草定在烟曲霉感染RAW264.7细胞中以浓度依赖性方式和通过Dectin-2介导发挥抗炎作用。
- 光甘草定减少小鼠烟曲霉菌角膜炎中的真菌分布和炎症。
- 光甘草定通过延迟发芽和破坏体外细胞的结构来抑制烟曲霉菌生长。
- 光甘草定通过抑制Dectin-1和NLRP3炎症小体在烟曲霉攻击中发挥抗炎作用,并通过延迟出芽和改变菌丝完整性发挥抗真菌作用。
- 来源:
- PMID:36785524
- PMID:36785524
2023年3月14日星期二
己酮可可通过减少真菌荷载和抑制角膜炎症治疗烟曲霉角膜炎
- 真菌性角膜炎(FK)是一种致盲性眼病,主要由真菌损伤和过度炎症引起。
- 己酮可可碱是一种甲基黄嘌呤,已被发现在多种传染病中具有抗炎作用,暗示其在治疗角膜真菌感染方面具有潜在的治疗作用。
- 然而,己酮可可碱对真菌性角膜炎的治疗效果仍不确定。
- 本研究通过在FK过程中激活核因子红细胞2样2(Nrf2)/血红素加氧酶1(HO1)通路,研究了己酮可可碱对烟曲霉的抗真菌能力和抗炎作用。
- 本研究证明己酮可可碱可以有效抑制真菌生长和炎症反应。
- 己酮可可碱通过次级Nrf2/HO1通路减少促炎因子的产生。
- 虽然己酮可可碱与游霉素对FK的疗效无统计学差异,但己酮可可碱可促进角膜上皮修复,且对眼表的毒性低于游霉素。
- 总之,己酮可可碱通过减轻真菌负载和激活Nrf2/HO1通路发挥抗真菌和抗炎作用,暗示它有可能成为烟曲霉角膜炎的新治疗药物。
- 来源:
- PMID:36822458
- PMID:36822458
2023年3月13日星期一
异硫氰酸苄酯通过降低真菌荷载和Mincle信号通路改善烟曲霉角膜炎的预后
- 烟曲霉角膜炎是一种与烟曲霉入侵和过度炎症反应相关的潜在致盲性疾病。
- 异硫氰酸苄酯(BITC)是一种从十字花科植物中提取的具有广泛抗菌和抗炎活性的次级代谢产物。
- 然而,BITC在烟曲霉角膜炎中的作用尚未被发现。
- 本研究旨在探讨BITC在烟曲霉角膜炎中的抗真菌、抗炎作用机制。
- 本研究的结果提供了证据表明,BITC通过以浓度依赖性方式破坏细胞膜、线粒体、粘附和生物膜,从而对烟曲霉产生抗真菌作用。
- 在体内,BITC处理的烟曲霉角膜炎中真菌负荷和炎症反应(包括炎症细胞浸润和促炎细胞因子表达)减少。
- 此外,BITC显著降低了RAW264.7细胞中Mincle、IL-1β、TNF-α和IL-6的表达,这些细胞受烟曲霉或Mincle配体海藻糖-6,6-二山榆酸盐的刺激。
- 综上所述,BITC具有杀真菌活性,可通过降低真菌负荷和抑制Mincle介导的炎症反应来改善烟曲霉角膜炎的预后。
- 文献来源
- PMID:36876115
- PMC:PMC9978348
- PMID:36876115