2018年4月12日星期四

小鼠中性粒细胞在静息和激活状态下的基因表达:暗示新功能和调节通路

小鼠中性粒细胞在静息和激活状态下的基因表达:暗示新功能和调节通路

美国哈佛大学和波士顿大学的研究人员对不同状态的中性粒细胞基因表达进行分析。分别选取静息状态外外周循环中未收到任何刺激的中性粒细胞和系统性炎症激活的中性粒细胞进行研究,其中系统性炎症激活的中性粒细胞又包括3类分别是:

l  血清移植诱发的关节炎(Acid-induced Peritonitis

l  硫胶质诱导的腹膜炎(Thioglycollate-induced Peritonistis

l  尿酸诱导的腹膜炎(Uric acid-induced peritonitis

与此同时,作者也分析了中性粒细胞和其他白细胞在基因表达上的差异。

结果显示,中性粒细胞表达的基因比其他白细胞要要少,并且和翻译相关的基因下调尤其显著。此外,作者在本研究中还识别出了一部分中性粒细胞的特异性基因,尤其是三种尚不清楚功能的基因:Stfa2/1,Mrgpr2aMrgpr2b。作为一个高通量的分析,作者当然也比较分析激活的中性粒细胞上调的基因,并且有几个新的发现,这些上调的基因可以包括以下几类

1.   和合成以及谷胱甘肽利用相关的基因高表达

2.   和吞噬以及修饰后脂质体代谢有关的基因高表达,  尤其是硫胶质激活的细胞中更加显著

3.   Nr4a家族的转录因子高表达,这种高表达只发生在血清移植诱发的关节炎中

4.   对于前列腺素合成和白三烯反应重要的基因高表达,尤其是在尿酸激活的中性粒细胞中表达更加显著

5.   其他高表达基因包括:凋亡、对微生物产物反应、NFkB家族成员以及他们的调节因子和MHCII等相关基因,这些因子的上调和其他的研究结论基本一致

    作者根据ImmGen的这些数据提出了一个模型,该模型用于推断中性粒激活过程中表达改变基因的功能。在所筛选到的64个调节基因中,预测Irf5对于通过TLR9刺激后表达的IL-10IP-10MIP-1αMIP-1βTNFα至关重要。

    本文提供的这些数据及其分析不仅提供了一套中性粒细胞在不同条件下的基因表达谱,更重要的是提供了一个关于其功能预测模型的附加假说。

原文地址:这里


2017年2月27日星期一

lncRNA读书笔记一

  • 概念
    • ncRNA就是所谓的非编码RNA(nc≠脑残,而是Non Coding)
      • 近期最热的生物学话题
        • 本世纪前10年的十大科学突破之一(Science)
      • 按长度可以分为长链非编码RNA和小调节RNA
        • 小调节RNA包括
          • miRNA
          • siRNA
          • shRNA
    • IncRNA
      • 一般特征
        • 种类繁多
        • 在整个细胞中持续表达
      • 根据它们相对于外显子的位置进行分类
        • 基因间lncRNA
        • 基因内/内含子lncRNA
        • 反义lncRNA
          • 这种分类提了lncRNA对于临近基因的顺式调节作用
            • 募集染色质修饰复合物以沉默或上调相邻位点的基因表达
  • 功能
    • 基因调节功能
      • lncRNA的基因调节功能贯穿基因表达的每个阶段,包括
        • 调控基因表达水平
        • 维持基因组完整性
        • 基因剂量补偿
        • 基因组印记
        • mRNA加工处理
        • 细胞分化和发展
      • 调节原理
        • 双链体
          • 碱基配对形成同源或异源双链体
        • DNA-DNA-RNA三链体
          • Hoogstein碱基配对
          • 反Hoogstein碱基配对
        • 直接介导RNA识别染色质表面特征
    • 其他功能
      • lncRNA本身的灵活性允许其形成复杂的二级结构,来结合蛋白质或小分子
      • lncRNA还包含了行使多种复杂生物功能的多种结合模块
      • 上述特性的相互组合即可使得lncRNA能够实现比miRNA更加广泛的功能
  • 表达和调控
    • 随着生长发育进行调控
      • 组织和时间特异性
      • 随着外界刺激而变化
  • 其他特例
    • lncRNA HOTAIR(Hox转录反义RNA)
      • Rinn发现
        • 同时表现出反式和顺式调节能力
      • HOXC相对染色质结构域的交叉处转录而来
      • 可与polycomb组蛋白如PRC2蛋白结合来调节生长发育过程中的细胞分化
      • HOTAIR-PRC2之间的相互作用可以修饰染色质并抑制人类HOX基因的转录,进而调节机体的生长发育。

2016年6月2日星期四

奋起一搏,或就此沉沦

在跑步机上看完了《American Beauty》,差一点就没看下去,跑步的时候看这种冗长沉闷的剧情片并不算非常好的体验。在跑步机上应该看《速度激情》、《终结者》,总之应该是那种畅快淋漓,不纠结的,然而,当剧情转入后半场渐入佳境后竟欲罢不能。
这是一部狠狠戳伤了美国中产阶级的电影,而我相信,它也可以狠狠戳伤现在的中国中产阶级。不管怎样,当你活到四十岁,回头看,发现自己这半辈子活的索然无味,你也会觉得悲哀的对吧。很可能今天你所深深迷恋的、不舍的、甚至是依赖的,都是明天毒药。中产阶级的梦就是煮青蛙的一锅温水,生命在于折腾,救赎之路就是作死,而且要各种作死,就是Laster的那个辞职报告一样勇于作死。
每个光鲜表象的背后都有那持久的无法自拔的痛苦。这痛苦让你绝望,无助,不知所措。与此相对的是他们光鲜的表象,用于对抗这痛苦的短暂的最终失败的表象。一个拉拉队长,校园女神终没有战胜自卑。一个身为人母,事业有成女强人,终归还是不能树立自己的人格,被形形色色的社会牵着鼻子走。一位高大全形象的退伍军人,终归还是不能,也不敢直面自己的性取向。只有事无所成,众叛亲离的男主,在绝望中找到一丝光亮,生活越来越有意思,有希望。可是,这时候被枪崩了。我当时第一反应,惊。第二反应,声泪俱下。第三反应,骂娘。第四反应,恩,他既使死了,也比上面几位活着的给人力量。每个角色都饱满,真实,令人绝望;有些时候,有些心理状态,让人感同身受,有代入感;个别镜头,可以瞬间调动你的各种情绪。

“我猜我死了应该生气才对。但世界这么美,不该一直生气。我的心像涨满的气球随时会爆。后来我记得要放轻松,别一直想要紧抓着不放。所有的美就像雨水一样洗涤我。让我对我这卑微愚蠢的生命,在每一刻对生命存在感激。”“你一定不知道我在说什么,别担心,有一天你会明白。”

2016年1月6日星期三

传说中的新年红包?


新年红包可能已经发出来了,可惜大多数人没有勇气去拿!
大盘已经跌了将近10%,你们还要什么?


2015年11月5日星期四

2015年11月4日出现买入信号

在海龟模型(HHG2)和张翼轸海龟(Zhang)一致的出现了买入信号,因此决定买入1/3仓位600股,成本价为7.515

2015年9月25日星期五


无耻的Coursa上面的课程都变成收费的了么?

熊市就是熊市


上面这张图是创业板2015年10月26日创业板指数的小时图。
昨天张翼轸在微信里说创业板小时图的海龟模型已经翻多,可惜如果昨天进去今天就只能又眼巴巴的看着亏损了。
熊市里甭管什么模型似乎都不靠谱啊。