涸辙思雨

2017年2月27日星期一

lncRNA读书笔记一

概念
- ncRNA就是所谓的非编码RNA（nc≠脑残，而是Non Coding）
  - 近期最热的生物学话题
    - 本世纪前10年的十大科学突破之一（Science）
  - 按长度可以分为长链非编码RNA和小调节RNA
    - 小调节RNA包括
      - miRNA
      - siRNA
      - shRNA
- IncRNA
  - 一般特征
    - 种类繁多
    - 在整个细胞中持续表达
  - 根据它们相对于外显子的位置进行分类
    - 基因间lncRNA
    - 基因内/内含子lncRNA
    - 反义lncRNA
      - 这种分类提了lncRNA对于临近基因的顺式调节作用
        
        募集染色质修饰复合物以沉默或上调相邻位点的基因表达
功能
- 基因调节功能
  - lncRNA的基因调节功能贯穿基因表达的每个阶段，包括
    - 调控基因表达水平
    - 维持基因组完整性
    - 基因剂量补偿
    - 基因组印记
    - mRNA加工处理
    - 细胞分化和发展
  - 调节原理
    - 双链体
      - 碱基配对形成同源或异源双链体
    - DNA-DNA-RNA三链体
      - Hoogstein碱基配对
      - 反Hoogstein碱基配对
    - 直接介导RNA识别染色质表面特征
- 其他功能
  - lncRNA本身的灵活性允许其形成复杂的二级结构，来结合蛋白质或小分子
  - lncRNA还包含了行使多种复杂生物功能的多种结合模块
  - 上述特性的相互组合即可使得lncRNA能够实现比miRNA更加广泛的功能
表达和调控
- 随着生长发育进行调控
  - 组织和时间特异性
  - 随着外界刺激而变化
其他特例
- lncRNA HOTAIR（Hox转录反义RNA）
  - Rinn发现
    - 同时表现出反式和顺式调节能力
  - HOXC相对染色质结构域的交叉处转录而来
  - 可与polycomb组蛋白如PRC2蛋白结合来调节生长发育过程中的细胞分化
  - HOTAIR-PRC2之间的相互作用可以修饰染色质并抑制人类HOX基因的转录，进而调节机体的生长发育。

2016年6月2日星期四

奋起一搏，或就此沉沦

在跑步机上看完了《American Beauty》，差一点就没看下去，跑步的时候看这种冗长沉闷的剧情片并不算非常好的体验。在跑步机上应该看《速度激情》、《终结者》，总之应该是那种畅快淋漓，不纠结的，然而，当剧情转入后半场渐入佳境后竟欲罢不能。

这是一部狠狠戳伤了美国中产阶级的电影，而我相信，它也可以狠狠戳伤现在的中国中产阶级。不管怎样，当你活到四十岁，回头看，发现自己这半辈子活的索然无味，你也会觉得悲哀的对吧。很可能今天你所深深迷恋的、不舍的、甚至是依赖的，都是明天毒药。中产阶级的梦就是煮青蛙的一锅温水，生命在于折腾，救赎之路就是作死，而且要各种作死，就是Laster的那个辞职报告一样勇于作死。

每个光鲜表象的背后都有那持久的无法自拔的痛苦。这痛苦让你绝望，无助，不知所措。与此相对的是他们光鲜的表象，用于对抗这痛苦的短暂的最终失败的表象。一个拉拉队长，校园女神终没有战胜自卑。一个身为人母，事业有成女强人，终归还是不能树立自己的人格，被形形色色的社会牵着鼻子走。一位高大全形象的退伍军人，终归还是不能，也不敢直面自己的性取向。只有事无所成，众叛亲离的男主，在绝望中找到一丝光亮，生活越来越有意思，有希望。可是，这时候被枪崩了。我当时第一反应，惊。第二反应，声泪俱下。第三反应，骂娘。第四反应，恩，他既使死了，也比上面几位活着的给人力量。每个角色都饱满，真实，令人绝望；有些时候，有些心理状态，让人感同身受，有代入感；个别镜头，可以瞬间调动你的各种情绪。

“我猜我死了应该生气才对。但世界这么美，不该一直生气。我的心像涨满的气球随时会爆。后来我记得要放轻松，别一直想要紧抓着不放。所有的美就像雨水一样洗涤我。让我对我这卑微愚蠢的生命，在每一刻对生命存在感激。”“你一定不知道我在说什么，别担心，有一天你会明白。”