WGCNA分析学习笔记｜一些基础概念

什么是WGCNA分析？

全称加权基因共表达网络分析（Weighted correlation network analysis），描述不同样品之间基因关联模式的生物信息学分析方法。

可以讲表达模式相似的基因进行聚类，并分析模块与特定形状或表型之间的关联关系。

WGCNA分析的适用范围

1、WGCNA分析的适用范围

抗病胁迫以及其他性状与基因关联分析等方面研究中被广泛应用。

主要应用与转录表达方面的研究，如转录组测序、蛋白质组测序等。

2、WGCNA分析对样品数量的要求

一般来说需要至少15个样品以上（5个点×3个重复）。

样品数量越多，结果会越准确

3、什么是hub gene

通过WGCNA分析可以构建一个调控网络，而位于调控网络中心的基因被成为核心基因，即hub gene，这类基因通常是关键的调控基因，是值得我们深入挖掘和分析的对象。

4、进行WGCNA分析时，怎么对选用的基因进行过滤？

一般来说，我们会把表达量较低，且在各个样本中变化不大的基因过滤掉。