lncRNA读书笔记一

• 概念
  • ncRNA就是所谓的非编码RNA（nc≠脑残，而是Non Coding）
    • 近期最热的生物学话题
      • 本世纪前10年的十大科学突破之一（Science）
    • 按长度可以分为长链非编码RNA和小调节RNA
      • 小调节RNA包括
        • miRNA
        • siRNA
        • shRNA
  • IncRNA
    • 一般特征
      • 种类繁多
      • 在整个细胞中持续表达
    • 根据它们相对于外显子的位置进行分类
      • 基因间lncRNA
      • 基因内/内含子lncRNA
      • 反义lncRNA
        • 这种分类提了lncRNA对于临近基因的顺式调节作用
          • 募集染色质修饰复合物以沉默或上调相邻位点的基因表达
• 功能
  • 基因调节功能
    • lncRNA的基因调节功能贯穿基因表达的每个阶段，包括
      • 调控基因表达水平
      • 维持基因组完整性
      • 基因剂量补偿
      • 基因组印记
      • mRNA加工处理
      • 细胞分化和发展
    • 调节原理
      • 双链体
        • 碱基配对形成同源或异源双链体
      • DNA-DNA-RNA三链体
        • Hoogstein碱基配对
        • 反Hoogstein碱基配对
      • 直接介导RNA识别染色质表面特征
  • 其他功能
    • lncRNA本身的灵活性允许其形成复杂的二级结构，来结合蛋白质或小分子
    • lncRNA还包含了行使多种复杂生物功能的多种结合模块
    • 上述特性的相互组合即可使得lncRNA能够实现比miRNA更加广泛的功能
• 表达和调控
  • 随着生长发育进行调控
    • 组织和时间特异性
    • 随着外界刺激而变化
• 其他特例
  • lncRNA HOTAIR（Hox转录反义RNA）
    • Rinn发现
      • 同时表现出反式和顺式调节能力
    • HOXC相对染色质结构域的交叉处转录而来
    • 可与polycomb组蛋白如PRC2蛋白结合来调节生长发育过程中的细胞分化
    • HOTAIR-PRC2之间的相互作用可以修饰染色质并抑制人类HOX基因的转录，进而调节机体的生长发育。